1、科属不同
赤楠，为桃金娘目，桃金娘科、蒲桃属灌木或小乔木。
紫薇，是桃金娘目，千屈菜科、紫薇属落叶灌木或小乔木。
2、形态特征不同
赤楠，嫩枝有棱，干后黑褐色。叶片革质，阔椭圆形至椭圆形，有时阔倒卵形，先端圆或钝，有时有钝尖头，基部阔楔形或钝，上面干后暗褐色，无光泽，下面稍浅色，有腺点，侧脉多而密，在上面不明显，在下面稍突起花柱与雄蕊同等。果实球形，直径5-7毫米。花期6-8月。
紫薇，高可达7米树皮平滑，灰色或灰褐色枝干多扭曲，小枝纤细，叶互生或有时对生，纸质，椭圆形、阔矩圆形或倒卵形，幼时绿色至黄色，成熟时或干燥时呈紫黑色，室背开裂种子有翅，长约8毫米。花期6-9月，果期9-12月。
3、生长环境不同
赤楠对光照的适应性较强，较耐阴。喜温暖湿润气候，耐寒力较差，适生于腐殖质丰富、疏松肥沃而排水良好的酸性砂质土壤。
紫薇其喜暖湿气候，喜光，略耐阴，喜肥，尤喜深厚肥沃的砂质壤土，好生于略有湿气之地，亦耐干旱，忌涝，忌种在地下水位高的低湿地方，性喜温暖，而能抗寒，萌蘖性强。
4、地理分布范围不同
赤楠产中国安徽、浙江、台湾、福建、江西、湖南、广东、广西、贵州等省区。生于低山疏林或灌丛。分布于越南及日本琉球群岛。
紫薇在中国广东、广西、湖南、福建、江西、浙江、江苏、湖北、河南、河北、山东、安徽、陕西、四川、云南、贵州及吉林均有生长或栽培，原产亚洲，广植于热带地区。